本文试图通过对建设工程结算纠纷这一问题的深层次原因进行分析，并从法律的角度出发提出解决问题的对策。
一、建设工程结算纠纷的主要表现
建设工程结算纠纷归集起来主要表现在以下几方面：
工程量方面。工程量一般指的是由于变更签证引起的工程量增加。理论上应该是先由承包方做书面变更签证申请，经建设单位审批后再施工。土建工程的工程量争议主要是合同生效后增加的工程量及对隐蔽工程的工程量清单未做三方确认，仅凭承包方施工日记进行结算，发包方提出异议。安装工程的工程量争议，主要表现在隐蔽在墙体中的管线铺设记录与确认问题。
竣工决算时间的争议。建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，经发包方审核达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程“竣工”。“竣工”在实际执行过程中的情况比建设工程承包合同的“竣工”要复杂得多。承包方往往为了承揽业务，对发包方在合同中设下的“竣工”概念陷阱不加防范。一旦中招，即便合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整个工程没有“竣工”为理由，而拒收承包方的决算报告。发包方就以“决算不成熟”为由拒付工程款。
违约的争议。无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。
建筑材料品质的争议。建设工程招投标时对工程主要建筑材料品质有所要求或承诺，但由于建筑材料市场供求关系的影响，有时使得承包方转而采用合同外的其他建材，因此，引起结算纠纷是很常见。
总包与分包的争议。激烈的市场经济条件下，社会分工越来越细，一个大型建设工程很难由单一的总承包商完成，而且有些劳务作业需要大量的人力，也无法由总承包公司独立完成。因此，总承包单位承揽建设项目后经建设单位同意，一般都会将其中的专业工程和劳务作业分包相应的分包单位。如果发包方就全额工程款结算完毕，则发生结算争议的可能性较小，如果发包方只进行部分结算，则很容易酿成总承包单位与分包单位的争议。而且总承包单位与分包单位之间除工程款结算外，还存在着管理费之争。如果建设单位参与指定或者暗示分包单位，则引起的工程款结算纠纷会更复杂。这类纠纷在建设工程领域比较普遍。
发票的争议。建设工程款绝大部分都是分期付款，建设工程的成本核算需要工程竣工后才能进行。因此，少数私有企业发包方在分期付款时可能会忽视立即索取工程款发票。而某些承包方，特别是挂靠性质的临时施工队，为偷逃税收有时以未收到全额工程款为由，拒绝开具税收发票。当全额发票应付的税款超过剩余工程款时，这种纠纷发生的可能性更大。
尾款的争议。建设工程竣工移交后，承包人按照合同要求应在一年内进行保修。为了保证承包方履行保修义务，发包方一般在合同中约定工程款支付95%工程款后，余下5%工程款留待一年保修期满后再行支付。有的合同采取工程款先付，由承包方另行出具5%工程款的银行保函加以保证。5%尾款争议的原因在于承包人是否能在保修期内适当履行保修义务。
合同的争议。这方面的争议在建设工程领域有一定的代表性。实力雄厚的建设工程发包方利用其在签约中所处的优势地位，就同建设工程除与承包人公开签订建设工程施工合同外，又强迫承包人签订另一份包括工程价款、工期等方面内容与合同不一致且有利于发包方的建设工程施工合同，即所谓“阴合同”。进入结算阶段时，两份相矛盾的合同究竟谁是结算标准成为争议焦点。根据合同法原理，应该认定后一份合同为标准(因为时间在后)，按照招投标法，应该认定前一份合同为标准(因为该合同是公平竞争的招投标结果)。
二、建设工程结算纠纷的深层次原因分析
建设资本金准备不足。以房地产业为例，部分开发商实际上很少准备足额的自有资金。一般只准备前期部分资金，其余建设资金来自两个方面：一方面是银行融资;另一方面是收取业主的预付款。无论是银行融资，还是收取预售房款，都不一定能保证建设资金及时支付。因为开发商融资能否成功要受国家信贷政策的制约，而预售款的收取受房地产市场大局及该项目设计及宣传力度的影响。任何一个环节资金链的断开都将影响开发商的支付能力，从而引发工程款的结算纠纷。
建设工程发包过程中违法行为。建设工程发包过程中影响结算的违法行为有如下几种情况：一是建设工程招投标程序中的违法行为，对参与投标的施工单位的资质疏于把关，让无相应资质的承包方以挂靠方式通过资格预审。二是招投标程序中的串标、泄露标底的行为，导致建设工程款被人为抬高或者压低，工程竣工时发生显失公平之争。
缺乏有效的诚信机制。非诚信行为是建设工程领域最大的危害。而法律的缺陷与软弱又助长了该领域的非诚信之风。非诚信引发的结算纠纷表现在发包方在竣工验收、工程决算及5%尾款支付甚至毫无根据的拖欠等方面制造人为纠纷。
买方市场下，建设工程发包方滥用市场优势，合同双方权利失衡。市场经济条件下，竞争日趋激烈。建筑行业也不例外，始终处于僧多粥少的买方市场状态。正因为如此，许多发包方企图从买方市场中获取非正常利益。表现在对工程承包方提出不合理的要求，承包方尽管知道不合理，为了市场生存也只得接受。
法制缺陷留下造成逃废工程款的漏洞。由于项目公司属独立法人，按照公司法精神，项目公司股东即开发商与投资商仅在注册资金范围内对项目公司的债权债务承担责任，也就是说只要项目公司注册资金到位，项目公司的股东其实就不必再为项目公司的债权债务承担责任。而项目公司的注册资金远远小于项目投资总额。这一法制缺陷时常被不良开发商利用，以法人有限责任的幌子逃废工程欠款。
三、解决建设工程款结算纠纷的法律对策
从刑法的角度保护提升对建设工程公平交易的保护。建设工程结算纠纷诸多诱因源于违反市场经济规律的不公平交易。因此，采取强有力的措施是解决建设工程结算纠纷的关键。
我国现行刑法侧重于公有财产与公民个人财产权的保护，但是对市场交易行为本身却缺乏关注。在西方成熟的市场经济国家中，对公平交易的保护是各国刑法立法的一个重点。而我国的刑法条文却少有涉及。虚假注资罪、抽逃资本罪则一般都是强制执行过程中发现，最后由法院裁定由股东在虚假注资或抽逃资本范围内对债权人承担责任，而上升到刑事处罚措施的几乎没有。保护市场的公平交易、维护市场安全与稳定已经日渐紧迫。我们认为应对刑法进行完善和修订，增加保护市场公平交易刑事条款，对违反公平交易构成犯罪的(例如商业贿赂、招投标舞弊等)，应处以刑事制裁。
构建信用体系及信用公示制度。构建信用体系及信用公示制度在建设工程具有非常重大的意义。建设工程结算实践中的很多结算纠纷是发包方缺乏诚信，故意采取拖延付款或者故意制造事端意图少付或占用建设工程款。建设单位一般具备一定经济实力，之所以这样是因为现行政策对非诚信行为制裁不力。即使不成功的拖欠带来的败诉诉讼对他们来说经济代价是很低的。败诉后，他们支付的只是早已应付的工程款，承担部分违约金也是很小的。现行的违约金处罚偏低(每天0.021%，相当于年利率7.66%)，因此占用工程款所支付的违约金比起银行融资的代价要小得多(银行贷款除必须支付年利率5.31%外，还要申请贷款指标、提供贷款担保及担保物的评估等，其成本远远超过7.66%)，况且在工程结算诉讼中调解成功率高，调解的成交条件一般就是承包方放弃违约金。这样发包方基本没有什么损失。因此，发包方不管有无真正结算纠纷，都乐意占用应该支付的工程款。因此只有构建社会信用机制才能解决上述问题。如果发包方无正当理由拖延支付工程款，除承担诉讼败诉后果外，征信机构应该记入该发包方的信用记录，降低其信用等级;此外，政府有关部门在审批固定资产投资计划时，应严格审查申请人以往信用记录。有不良记录者在解决旧的结算纠纷前不得审批新的投资计划。修订和完善建设工程相关的法律政策与行政措施。
颁布一套完善的建设工程保证金制度。政府有关部门在进行固定资产投资计划审批时，必须要求发包方提供总投资一定比例的保证金。这一保证金可以是现金保证或银行保函。同时规定这一保证金的返还必须等待工程竣工验收合格，项目债权债务结清后才能返还。目前建设工程结算中有类似的保证金，但在处理建设工程结算纠纷时，这类保证金没有起到应有的作用。因此，今后应使项目保证金更加透明，更能发挥保证项目健康发展的作用，该保证金应可以直接用于支付工程款或其他项目债务。
改进目前的项目公司制度。项目公司制度是为加强项目专门管理而设计的，但在实践中已经背离了立法者的初衷。项目公司对管理项目起到的积极作用比起其被不法投资者当作逃废债务的盾牌所产生的负面效应来讲要小得多。我们认为应该改进现在的项目公司制度。在建设项目中，应该以开发商的名义直接作为发包方，由所有的开发商直接对包括承包方在内的所有债权人负责。当项目公司注册资金等于全部项目投资总额时，可以作为有限责任的独立法人;当项目公司注册资金小于项目投资时，不能享有有限责任权利，确定其承担无限连带责任的法人。因为第二类项目公司管理作用大于经营作用，并非普通公司法意义上的经营法人。既然项目公司只能管理全体股东在相关建设项目中的投资，那么，项目公司的注册资金并非项目投资的责任能力，而是管理的责任能力，建设项目实际上是个参与投资者的资本运作行为，那么项目的责任范围应该是全体投资者的投资总额。如果项目公司以有限的注册资金进行远远超过注册资金的项目运作，然后又罩上有限责任法人的面纱，这对包括承包人在内的债权人来说是一种商业欺骗。因此，完善目前的公司法，要求此类项目公司承担无限连带责任就十分必要。
完善建设工程款优先受偿权制度。 现行的《合同法》虽然规定了建设工程合同的承包人就工程的优先受偿权，但在实践中，将优先权的范围限制于人员报酬、材料款等直接费用的狭小范围，将优先权行使期限限制设定为竣工或约定竣工后的6个月。这样对承包方不利，因为，首先将工程款限制为直接费用，已经将工程款割裂开来，不包利润与损失使得承包人优先范围意义有限;其次，优先期为竣工后6个月更削弱了优先权的作用。因为所谓优先权是相对的其他请求权人。建设工程竣工后6个月内很多其他债务人的诉求还没有提出，承包人还无法行使优先权，而承包人自己名下的工程款有的尚未到支付期。因此，我们建议将优先范围界定为成本加适当利润，优先权期限与诉讼时效相同，即为两年，自工程竣工之日起算。
构建建设工程中期预警体制。 建设工程结算纠纷的金额巨大，一旦纠纷激化将难以解决。我们认为应该构建法定的建设工程中期预警体制。在这个预警体制中，建设单位要起到关键作用。当建设项目完成投资总额的50%时，建设单位应该聘请中介机构，如造价工程师、律师、注册会计师等组成中期预审小组，对建设工程合同的履行情况进行审查，主要包括以下内容：
一是施工主体审查。审查施工主体是否有挂靠行为、非法转包、分包行为。
二是施工设计审查。审查是否按照审定的设计施工。
三是施工进度审查。审查是否严格按照合同进度施工。
四是债权债务履行审查。审查是否按照合同支付工程款或其他费用。
五是会计审查。审查有关工程票据是否完全，税赋是否足额缴纳。
六是合法性审查。审查建设工程履行过程中，是否存在违法违规情形等。
通过预审小组审查，如果没有问题建设项目继续进行;如果审查发现问题的应该由预警小组立即告知有关各方，有缺陷的一方应立即采取整改措施;受影响的一方有权在合理期限内提出不安抗辩权利，要求对方在澄清误解或提供履约担保后再继续履行。例如，通过审查，发现建设资金出现巨大缺口，可以立即通知发包方与承包方。发包方可以立即出示建设资金保证文件(包括拨款证明、融资合同、资金担保等);承包人提出不安抗辩要求中止履行，直到发包方提供相应保障，如无保障可以请求解除合同。这样就可以将大部分纠纷消灭在萌芽状态。
