对建设工程施工合同垫资条款认定应坚持“合法性”与“合理性”相结合，在于法有据前提下，应考虑中国实情，这也符合立法者的本意。不能否定，施工企业参与激烈的市场竞争，垫资成为取得工程的一种手段。同时，一些建筑企业为获取市场地位，垫资也成为展示公司经济实力的一种手段。一些施工单位老总认为，与其在工程招投标中“让利”几个百分点，不如在工程磋商时主动提出垫一部分资金，一方面利润没减少，另一方面帮助建设单位解决工程上马资金方面的“燃眉之急”，既可显示自己雄厚的实力，又可抓住对方的“痛痒”，以获取更大机会得到工程，可谓“一举多得”。笔者将这种垫资称为“善意”。体现了合同双方意识自治，该合同可认为是有效的。
建设工程施工合同应属《合同法》调整范围，合同法属于上位法，无效的认定应依据《合同法》的规定。从现有的法律规定来判断，垫资条款并非当然无效，但也不能就完全认为当然有效，《解释》的规定存在概然性。应采用具体案例具体分析的方法来认定是否有效或无效。《合同法》对无效合同的认定包括如下几个方面;
1、一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;“以欺诈、胁迫的手段订立合同”不构成无效，必须同时满足“损害国家利益”的条件。所谓“国家利益”并非国有企业利益，应解释为刑法、行政法等公法保护的利益。具体判断建设工程施工合同是否有效，看垫资条款是否损害了国家利益。
2、恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;认定合同效力看双方当事人主观是否出于恶意，客观上实施了损害国家、集体或者第三人利益而缔结合同。现实中建设单位与施工单位串通，利用“巨额垫资”，合同签定后在返还等手段，恶意排挤竞争对手，规避招投标，存在共同过错，此为“恶意”的，可以认定合同无效。
3、以合法形式掩盖非法目的;即由于目的非法而无效。实践中一般“垫资合同”不能认定为含有企业间借贷性质，因为其缺乏“非法目的”这一主要构成要件。以开发商为例，施工单位从事工程施工获取施工利润是合法的。如果因其间存在“垫资条款”，又存在从开发商开发利润中提取高于正常贷款利息的利润，则构成有“非法借贷目的”，可认定为无效合同。这也就是具体问题必须要具体分析。
4、损害社会公共利益;不违反公共利益这是对不违反法律、行政法规要求的补充。据此认定无效应属于法律、行政法规无具体规定，而又不宜确定为有效的合同，作为社会干预，限制合同自由的一项法律武器。如确因施工单位大量垫资造成拖欠民工工资，引起社会不稳定因素，扰乱建筑市场，即构成损害社会公共利益，可认定合同无效，即使没有法律、行政法规的规定。但不能一概认为拖欠民工工资完全由于“垫资”引起，还是要具体案例具体分析。
5、违反法律、行政法规的强制性规定。本质上合同行为及合同内容绝大多数是当事人的“私事”，故合同法以当事人意识自治为原则。但存在损害国家利益、社会秩序、市场交易则通常适用强制性规定，排除当事人的意识自治。判断的依据应以合同订立时的法律行政法规为标准。
