公司瑕疵设立，是指经公司登记机关核准登记并获而宣告成立的公司，在设立过程中，存在不符合规定的条件和程序而设立公司的情形。如果公司存在这种情形，那么它就会在法律上处于一种有别于其他正常公司的地位与状态。
从理论上讲，瑕疵本应该导致公司设立无效，并且自始否认其法律人格的存在；然而，这种消极的做法，使既已存在的公司的资格简单地消灭，往往会对第三人、股东及公司员工等利益相关者造成毁灭性的影响，并造成资源的极大浪费、对交易安全与社会经济秩序的严重破坏。可见，这无疑是一个不容忽视的经济与社会问题。
为了解决这类问题，许多国家的公司法都规定了公司瑕疵设立制度。但是，不同国家的公司法对公司瑕疵设立制度的规定存在着较大差异，目前典型的有以下三种：
（一）瑕疵设立有效。这种制度以英国、美国为代表，是指公司注册机关所颁发的设立证书具有推定《公司法》有关注册的所有要求均已得到遵守的确定性证据功能。依此，一旦公司获得设立证书，则即便公司在设立过程中存在违反公司法规定的瑕疵，没有特殊情况也就不能以此质疑甚至否定公司设立的效力，所有依法注册设立的公司皆为合法公司。
这种瑕疵设立有效制度很好地体现了民法中公示公信原则：一个公司公告成立，领取并悬挂营业执照，这种行为无疑是在向社会公示该公司已经合法设立、依法拥有法人人格，而我们知道法律行为一经公示，便会产生相应的公信力。第三人正是基于对这种公示的信赖，才与之发生法律关系，比如债务关系、关系；即便公示有瑕疵，我们也不能依此来否定公司的设立有效，否则将会威胁与公司有利害关系的人的利益，尤其是增加市场交易的成本，如果我们在和公司交易时都不再相信公示而要亲自调查它是否成立有效的话，无疑会大大增加交易的成本，当然也是不可能的。英美法系国家之所以会采取瑕疵设立有效的模式，也正是考虑到效率原则，通过对瑕疵设立的承认，来减少企业设立成本和交易成本。他们知道一个“活着的”公司的价值远远大于一个“死掉的”公司这个道理。
（二）瑕疵设立无效。一些大陆法系国家如德国、日本等采取这种做法。在这些国家，即便公司已经获得设立证书，但如果公司在设立过程中存在违反公司法关于设立条件与程序的规定，经股东或其他利害关系人提起无效诉讼，公司将被宣告无效，且公司自设立开始时起即不具备法律效力。然而，这种绝对否定既已设立公司的法律人格的立法态度，对交易安全及社会经济秩序构成了严重破坏。譬如，在一些案件中，被告以原告公司在行为时因存在设立瑕疵而缺乏法人格为由进行抗辩；而在另一些以公司为被告的案件中，被告则以其行为时尚未依法成立为由进行抗辩，从而实现推卸责任的目的。
（三）瑕疵设立可行政撤销。这种制度是说，当公司设立存在瑕疵时，可有行政机关予以撤销。我国新《公司法》第199条规定：“违反本法规定，虚报、提交虚假材料或者采取其他欺骗手段隐瞒重要事实取得公司登记的，由公司登记机关责令改正，对虚假注册资本的公司，处以虚报注册资本金额百分之五以上百分之十五以下的罚款；对提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实的公司，处以五万元以上五十万元以下的罚款；情节严重的，撤销公司登记或者吊销营业执照。”由此可见我国采取的是瑕疵设立可行政撤销制度。
但是新《公司法》仍未就瑕疵设立公司的人格问题或是公司设立瑕疵的法律后果作出较为完善的规定，我们呼吁我国公司立法有必要对此作出明确的规定，并且至少区分以下几种情形设计合理的瑕疵设立制度：
（一）实际出资达到了法定最低资本额而未达到应缴资本额的情形：在我国，为维护市场交易的安全，保障债权人的权利能够实现，规定在公司设立时，必须在中明确规定公司资本总额，并一次性发放、全部认足或募足，否则公司不得成立。这就是公司法中的法定资本制，但是请注意，法定资本制度的主要特点是资本或股份的一次发放，而不是一次缴纳股款。
对于实际出资未达到应缴资本额，同时未达到了法定最低资本额的情形。根据企业维持的原则，还是应该首先责令其缴足股本并且其他股东或发起人承担连带责任；只有当其拒不缴足或是实在无力缴足时，才能否定它的设立有效。不过这时应该对其进行清算以保护债权人的利益，而不是认定为合伙。尽管企业的价值是大于清算的价值的，但是当企业连法定的最低注册资本额都无力缴足时，我们很难相信它的还债能力，在平衡企业利益与债权人利益时，我们应该侧重保护债权人的利益。
（二）出资比例结构不符合公司法规定的情形：我国新《公司法》第27条规定：“全体股东的货币出资金额不得低于注册资本的百分之三十”。之所以会这样规定是为了保证公司资产结构的合理性和公司正常经营活动的需要，保证公司资产应有的流通性和变现性，保证公司对外负责的有效清偿能力。
限定出资比例起初的目的是为了保证公司资产结构的合理性和公司正常经营活动的需要，保证公司资产应有的流通性和变现性，保证公司对外负责的有效清偿能力。但是随着社会的不断发展，金融体系的不断完善，我们发现有不少公司起初都是没有太多自己的现金，而通过抵押贷款发展壮大起来的；还有不少人即便是有钱也会向银行或是他人来创业。这也正是经济学、投资学所推崇的方式：用别人的钱去赚更多 的钱。可见，现代公司对于自有现金的依赖正在减弱，怎样的货币出资比例叫做合理也应根据不同的公司情况加以考虑。
（三）有无民事能力或限制民事能力担任股东的情形：我国法律要求公司设立发起人须具备完全民事能力，无行为能力人和限制行为能力人参与公司设立受到限制。法律所禁止的不可设立公司的自然人，不可以成为公司的股东。 如果发起人在公司设立过程中死亡，其“股份”被其幼子继承，或发起人失去行为能力，公司随后设立成功，这类瑕疵设立的行为的法律后果应该是怎样的呢？
有学者认为应该认定继承无效，并由其他股东以合理的价格收购。他们认为发起人设立公司是基于相互间的信任关系，所以公司的设立行为具有一定的人生性。可是一般情况下，公司的股份作为一项财产其价值远远大于出卖它所获得的收益。不给予其继承人继承股份的权利，这种行为本身就是对已死亡或失去行为能力的股东利益的侵害，与社会伦理道德也相违背。一个社会伦理道德的规则是不能成为法律的，它来源于业已形成的社会道德和习惯。对于这类公司，我们也不能认定其设立无效，否则便有客观定罪的嫌疑，有损社会效率和成本，损害其他有利害关系的人的利益。只要为无行为能力人或限制行为能力的股东设定一位代理人即可。
