公司在设立阶段常见的风险有以下两个方面：一、公司出资问题引发的法律风险;二、协议引发的法律风险。
一、出资问题带来的法律风险及防范
出资问题包括：虚假出资、抽逃出资、评估不实、出资财产权利瑕疵引发的法律风险。这之中最容易出现问题的是抽逃出资，抽逃出资是指出资人在公司成立后，将其所交纳的出资额暗中抽逃撤回，但其仍保留股东身份和原有的出资份额。对于这种行为，可报相关机关审查，一经查实，情节严重的，最高可被判处5 年，同时可以并处虚假出资额或者抽逃出资额10%的。但是这对公司的运行肯定会有一定程度的影响，对公司而言，人和远比资和重要，所以在考虑与他人共同设立公司时，应该着重考虑人和。
二、公司设立协议带来的法律风险及防范
作为的母版的公司设立协议，是指发起人为规范公司设立过程中各发起人的权利和义务而签署的协议。由于公司设立协议从本质上隶属民事法律关系中的合同，所有违反公司设立协议的行为，对出资人而言都是违约行为，适用的有关规定。在公司不能依法成立的情形下，设立协议显得格外重要。同时，由于设立公司协议作为公司章程的一个母版，决定着章程的内容。因此，签订和完善公司设立协议意义重大。在设立公司协议时，应该有书面的设立协议并保证设立协议的合理性。
然而，设立协议中保密条款缺失引发的法律风险是是值得重视的，一般人认为主要限于公司运营中掌握的专利技术、技术信息及客户资源等可以为公司带来收益的技术或信息。但是，实际上，现在的商业秘密攻守战无处不在，而对于一些具有特定专利技术、技术秘密、或者具有特殊经营方法或者服务理念的公司，在公司设立之初的保密问题就应当作为头等大事进行防控和控制。因为这些信息一旦被他人恶意利用，很有可能被复制或整体抄袭，致使公司在本行业的领先优势或者独特优势被淡化，对未来公司造成难以估量的损失，情况严重的，很有可能将公司扼杀在设立之中。所以，在公司设立之初，就应该在公司章程中明确规定对于公司的保密条款及其，如若违反，其惩罚力度及方式。
